Oskarżenie o współpracę z SB Z materiałów przechowywanych w Instytucie Pamięci Narodowej wynika, że w wieku 18 lat podpisał zobowiązanie do współpracy ze Służbą Bezpieczeństwa jako TW „Ernest” nr rej. 42601. Był wtedy uczniem III Liceum Ogólnokształcącego we Wrocławiuartykuł w „Rzeczpospolitej” o kontaktach Czarneckiego z SB i wywiadem.. W połowie 1982 Czarnecki podpisał zobowiązanie do współpracy, tym razem z wywiadem PRL. W październiku 1983 założono mu teczkę pod numerem 15538 jako kontakt operacyjny o pseudonimie Ternesartykuł w „Gazecie Polskiej” o kontaktach Czarneckiego z SB i wywiadem.. Leszek Czarnecki przyznał się do podpisania zobowiązania, nie potwierdził jednak przekazywania SB informacjiNie donosiłem i nie sporządzałem notatek – wywiad w „Rzeczpospolitej”..
Afera KNF 13 listopada 2018 Gazeta Wyborcza ujawniła stenogram rozmowy (w Internecie opublikowane zostało również nagranie audio) z udziałem biznesmena Leszka Czarneckiego oraz przewodniczącego Komisji Nadzoru Finansowego, Marka Chrzanowskiego. Według Czarneckiego, Chrzanowski miał zapewnić przychylność KNF i NBP oraz usunięcie z KNF Zdzisława Sokala (przedstawiciela prezydenta w KNF, zwolennika przejęcia banków Czarneckiego) w zamian za 1 procent wartości Getin Noble Banku, czyli około 40 milionów złotych.