14 grudnia 1922 gabinet Juliana Nowaka podał się do dymisji. Gdy Ludwikowi Darowskiemu nie udało się stworzyć rządu, marszałek Sejmu Maciej Rataj powierzył misję uformowania rady ministrów gen. Władysławowi Sikorskiemu. W jej skład wszedł Jan Łopuszański, pozostając na dotychczasowym stanowisku. Generał pełnił urząd premiera do 26 maja 1923. Dwa dni później prezydent Stanisław Wojciechowski powierzył misję tworzenia rządu Wincentemu Witosowi. Było to wynikiem paktu lanckorońskiego. Pomimo zmiany na stanowisku premiera, ministrem robót publicznych pozostał Jan Łopuszański. Po upadku kolejnego gabinetu, przestał angażować się w politykę na poziomie rządowy. Powrócił do Lwowa, gdzie kontynuował rozwój kariery naukowej.
W roku akademickim 1924/1925 był dziekanem Wydziału Komunikacji, a w roku 1925/1926 rektorem Politechniki Lwowskiej.
Utworzył pierwszą w Polsce dużą stację melioracyjną przy Politechnice Lwowskiej w miejscowości Fredrow (majątek Małopolskiego Towarzystwa Rolniczego) w powiecie rudeckim na ziemi lwowskiej. Ponadto przyczynił się do stworzenia doświadczalnej stacji melioracyjnej dla Polesia w Sarnach.
Zmarł w maju 1936 we Lwowie i został pochowany na tamtejszym Cmentarzu Łyczakowskim (kwatera 69, nr 98) 6 maja 1936.