7 września 2006 stanął przed komisją Wydziału Dyscypliny PZPN (WD) składając wyjaśnienia po opublikowaniu przez Przegląd Sportowy tzw. listy Fryzjera. WD PZPN nakazał mu podjęcie odpowiednich kroków prawnych prowadzących do oczyszczenia własnego imieniapzpn.pl: Wydział Dyscypliny - 7 września 2006. 21 grudnia przed warszawskim Sądem Okręgowym odbyła się pierwsza rozprawa w procesie cywilnym wytoczonym redakcji Przeglądu Sportowego przez sędziego w tej sprawiepzpn.pl: Mikołajewski walczy przed sądem.
16 stycznia 2007 znalazł się na ogłoszonej przez UEFA liście arbitrów dopuszczonych do sędziowania międzynarodowych spotkań piłkarskich w tym rokupzpn.pl: FIFA ogłosiła listę sędziów międzynarodowych.
31 maja 2007 został ponownie przesłuchany przez WD PZPN w związku z aferą korupcyjną. Sędzia zaprzeczył, że miał do czynienia z ustawianiem wyników meczów. 19 grudnia został zatrzymany przez policjęsport.pl: Zatrzymany pierwszoligowy sędzia piłkarski.
18 października 2008 powrócił do sędziowania meczów Ekstraklasy. Po powrocie, w wyniku presji medialnej, sprawa Mikołajewskiego ponownie wróciła do WD PZPN.