Nadgarstki i śródręcza są znacznie zredukowane. Pierwszy palec jest słabiej wykształcony niż pozostałe. U niektórych osobników składa się z dwóch kości, a u innych zredukowany jest do jednej. Diugoń przybrzeżny nie ma pazurów. Nie ma także kości łonowych. Kość kulszowa i kość biodrowa są w zaniku.
Serce diugonia przybrzeżnego znajduje się w części mostkowej klatki piersiowej. Wierzchołek komory ma szczelinę; z nadprzeponowej części ciała krew zbierają dwie żyły główne górne. Klasycznie, jak u innych ssaków – w mózgu i w innych częściach ciała funkcjonuje rozbudowana sieć dziwna. Mózg jest mały; szyszynka nie występuje. Przepona leży ukośnie. Nerki są podłużne.
Krótki język dorosłego diugonia osiąga około 14 cm. Gruczoły ślinowe są dobrze wykształcone, tchawica krótka. Płuca – ułożone wzdłuż części grzbietowej – są spłaszczone i sięgają aż do nerek. Przełyk jest wąski, wątroba masywna, a trzustka dobrze rozwinięta. Układ pokarmowy jest bardzo długi, za sprawą rozbudowanych jelit. Długość jelita cienkiego diugonia jest równa 4–5 krotnej długości całego zwierzęcia, zaś jelita grubego aż 9-krotności długości jego ciała. Układ pokarmowy jest wyposażony w jelito ślepe.