Przypuszczalnie w następstwie takiej groźby 4 lutego 1938 roku zarząd gminy żydowskiej zdecydował się sprzedać kościołowi parafialnemu w Zdołbunowie organy z synagogi za sumę 7300 złotych.
Jeszcze w tym samym miesiącu endecki „Głos Leszczyński” zamieścił artykuł pt. „Sprzedaż synagogi w Lesznie 103”, w którym sugeruje iż sprzedaż organów była tylko wstępem, gdyż gmina nosi się również z zamiarem sprzedaży synagogi wraz z placem, na którym stoi. Autor artykułu zadaje również pytanie „Możeby kompetentne czynniki rozpatrzyły sprawę i ewentualnie przyczyniły się do zniesienia symbolu dawnej świetności żydostwa w naszym grodzie?”. W odpowiedzi gmina życzy sobie, aby w następnym numerze zamieścić sprostowanie, gdyż bynajmniej nie nosi się z takim zamiarem.
II wojna światowa i okres Polski Ludowej W okresie II wojny światowej, pozbawiona wiernych, synagoga została przeznaczona na składnicę rupieci. W tym też zapewne okresie zlikwidowano dwa wejściowe portale do aneksów przywieżowych i najprawdopodobniej zniszczono ruchome wyposażenie synagogi.