Navigator drugiej generacji zastąpił dotychczas obecne na rynku wcielenie po 5 latach, przechodząc gruntowną metamorfozę pod kątem stylistycznym i konstrukcyjnym. Z przodu pojawiła się większa atrapa chłodnicy, masywniejsze reflektory, za to z tyłu zachowano schemat dwuczęściowych lamp z jednolitym, czerwonym wypełnieniem. Podobnie jak w przypadku poprzednika, samochód był bliźniaczą konstrukcją równocześnie produkowanego, tańszego i pozycjonowanego niżej Forda Expedition. Przełożyło się to na wymiary – Navigator II był wyraźnie większy od poprzednika.
Przy ewolucyjnym zakresie zmian z zewnątrz, druga generacja Lincolna Navigatora przeszła znacznie obszerniejsze modyfikacje wewnątrz, zyskując przy tym całkowicie odrębny projekt w stosunku do bliźniaczego Forda. Masywna konsola centralna współgrała z obszernymi zegarami o uproszczonym układzie. Kabina pasażerska zyskała na wymiarach, ponownie umożliwiając przewiezienie do 7 pasażerów w trzech rzędach siedzeń.
Sprzedaż Podobnie jak poprzednik, tak i druga generacja Lincolna Naviatora była wytwarzana razem z bliźniaczym Fordem Expedition w amerykańskich zakładach koncernu Ford w Wayne w stanie Michigan.