Spośród 10 deputowanych, którzy weszli do Parlamentu Europejskiego z list LPR, jedynie 1 pozostał w partii do końca kadencji, 3 pozostało we frakcji eurosceptyków Niepodległość i Demokracja (w której znajdowali się początkowo wszyscy posłowie Ligi Polskich Rodzin), natomiast 6 przeszło do frakcji Unia na rzecz Europy Narodów.
2005–2007 Oficjalnym kandydatem Ligi Polskich Rodzin w wyborach prezydenckich został ogłoszony profesor dendrologii Maciej Giertych. Poparcia udzieliła mu Młodzież Wszechpolska. Jego sztab wyborczy został zarejestrowany 8 czerwca 2005. Kandydat zrezygnował z udziału w wyborach 4 października 2005. Maciej Giertych ostatecznie poparł w wyborach kandydata PiS – Lecha Kaczyńskiego.
W wyborach parlamentarnych w 2005 LPR uzyskała 940 762 głosy, tj. 7,97% poparcia, co przełożyło się na 34 mandaty poselskie oraz 7 senatorskich. Partia udzieliła wotum zaufania Rządowi Kazimierza Marcinkiewicza. W styczniu 2006 partia została jednym z sygnatariuszy paktu stabilizacyjnego, a po jego zerwaniu, od 5 maja 2006, koalicji rządowej PiS-Samoobrona-LPR-NKP. W ramach koalicji Liga Polskich Rodzin otrzymała Ministerstwo Edukacji Narodowej (szefem resortu w randze wicepremiera został Roman Giertych) i Ministerstwo Gospodarki Morskiej (szefem resortu został Rafał Wiechecki).