Po wydaniu Tales from the Punchbowl z Primus odszedł dotychczasowy perkusista Tim Alexander, którego zastąpił Bryan „Brain” Mantia.
W zmienionym składzie zespół zrealizował album Brown Album, nagrywany w systemie analogowym.
Rhinoplasty Następne wydawnictwo to minialbum Rhinoplasty, zawierający interpretacje utworów m.in. Petera Gabriela, XTC, The Police czy Stanleya Clarka. Całość uzupełniały utwory Primusa w wersji koncertowej („Tommy the Cat” rozszerzone o „The Awakenings”, pochodzące z solowej płyty Claypoola Highball with the Devil).
Antipop W składzie z „Brainem” zespół wydał w 1999 roku album zatytułowany Antipop. Jest to pierwszy album Primus, na którym produkcją zajęli się muzycy z zewnątrz (a nie, jak normalnie, Les Claypool), m.in. Fred Durst z Limp Bizkit (utwór „Laquer Head”), Tom Waits („Coattails of a Dead Man”), Tom Morello z Rage Against The Machine („Electric Uncle Sam” i „Mama Didn't Raise No Fool”), Matt Stone („Natural Joe”) oraz Stewart Copeland, były członek The Police („Dirty Drowning Man”). Ponadto gościnnie pojawił się na płycie James Hetfield z Metalliki („Eclectic Electric”).