W momencie ataku na Pearl Harbor Nixon pracował w Biurze Kontroli Cen w Waszyngtonie, lecz po przystąpieniu Stanów Zjednoczonych do II wojny światowej postanowił wstąpić do Marynarki Wojennej. Przeszedł szkolenie w Ottumwie, otrzymał stopień porucznika i został skierowany na południowy Pacyfik. Będąc oficerem lotnictwa, nie brał udziału w bombardowaniach i bezpośrednich starciach. Pod koniec 1944 roku został zdemobilizowany i wrócił do kraju.
Kongresmen Zaraz po II wojnie światowej rozpoczął swoją działalność polityczną, angażując się w działalność Partii Republikańskiej. W 1946 roku wystartował w wyborach do Izby Reprezentantów i zdobył mandat. Został członkiem Komisji ds. Działalności Antyamerykańskiej (House Un-American Activities Committee), w której wykazywał postawę antykomunistyczną i antyliberalną. W ramach działalności komisji wziął udział w skazaniu pracownika Departamentu Stanu, Algera Hissa, który został oskarżony o sympatie prokomunistyczne. W 1947 roku pomógł w obaleniu weta prezydenta Trumana wobec antyzwiązkowej ustawy Tafta–Hartleya.