Atahualpa został pojmany, a w roku 1533 zgładzony. Pizarro założył Limę w 1535 roku, a w 1542 roku powstało wicekrólestwo Peru (Nowa Kastylia), które początkowo sprawowało władzę nad wszelkimi ziemiami zdobytymi w całej Ameryce Południowej (oprócz Brazylii, będącej pod kontrolą Portugalczyków, którą zapewniał im traktat z Tordesillas). W XVI wieku postępowała kolonizacja, osadnictwo, rozwój miejscowego rzemiosła i handlu. Największe znaczenie dla rozwoju Peru miała eksploatacja srebra w miejscowych kopalniach. W 1572 roku Hiszpanie podbili ostatni ośrodek Inków i pokonali inkaskiego wodza Tupaca Amaru.
W XVII i XVIII wieku Peru było najcenniejszą kolonią Hiszpanii. W tym okresie uciskani Indianie próbowali powstań, między innymi Manko Kapak w latach 1535–1537. W połowie XVIII wieku wybuchło powstanie na czele z Juanem Santosem Atahualpą oraz powstanie Tupaca Amaru II w 1780, jednak za każdym razem były one krwawo tłumione. Na początku XIX wieku, mimo prób obalenia władzy hiszpańskiej w latach 1809, 1812, 1814, Peru pozostawało wierne Madrytowi.