W 2006 r. Náutico chodził i wspinał się do Série A po zwycięstwie nad Ituano przez 2:0.
W 2007, po ponad 20 rundach w strefie spadkowej, może pozostać w Série Adzięki czemu jeden z najlepszych kampanii w ramach drugiego etapu konkursu.
W 2008 po raz kolejny pozostaje w Série A po remisie z Santos FC w 0:0 w Vila Belmiro.
Dnia 2009 r. zdegradowany do Serie B, gdzie jest tam aż do 2011 roku, gdy wygrał mistrzostwa po raz drugi i powrócił do Série A.
Znani piłkarze w historii klubu Baiano (lata 80., najskuteczniejszy strzelec) Batata II Bita (lata 60.) Bizu (lata 90.) Jorge Mendonça (lata 70.) Kuki (obecna gwiazda) Lucio Wagner Marinho Chagas (lata 70.) Nado (lata 60.) Orlando Pingo de Ouro (1942-45)
Najlepsi strzelcy klubu Piłkarz Liczba goli 1. Bita 221 2. Kuki 208 3. Fernando Cavalheira 185 4. Baiano 181 5. Ivson 118 6. Bizu 114 7. Ivanildo Cunha 112 8. Nino 102 9. Geraldo José 101 10. Nivaldo 95 11. Jorge Mendonça 95
Najlepsi strzelcy w Campeonato Pernambucano Piłkarz Liczba goli 1. Fernando Cavalheira 140 2. Bita 90 3. Baiano 80 4.