Z kolei z mniszką śródziemnomorską dzieli je różnica głębsza niż między niektórymi odrębnymi rodzajami fokowatych. Dlatego autorzy zdecydowali się przenieść mniszki Nowego Świata do nowego rodzaju, który nazwali Neomonachus.
Po opublikowaniu rewizji taksonomicznej (powyżej), mniszka śródziemnomorska pozostała jako jedyny przedstawiciel rodzaju mniszka (Monachus), któremu nazwę nadał w 1822 roku szkocki zoolog John Fleming.
Opisano różnice w morfologii czaszki i zróżnicowaniu genetycznym między atlantyckimi i śródziemnomorskimi subpopulacjami M. monachus, wyróżniono haplotypy charakterystyczne dla danych populacji, ale do tej pory nie zasugerowano rozdzielania taksonomicznego. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten gatunek za monotypowy.
Etymologia Monachus: monakhos „mnich”, od μονος monos „samotnik”, od μοναχοω monakhoō „robić pojedynczo”. Pelagios: gr. πελαγιος pelagios „morski”, od πελαγος pelagos „morze”. Pelagocyon: gr. πελαγος pelagos „morze”; κυων kuōn, κυνος kunos „pies”. Rigoon: gr. ριγοω rigoō „marznąć, mieć dreszcze, drżeć z zimna”. Heliophoca: gr.