Jednostkę napędową stanowią dwa silniki General Electric F414 o większym o 35% ciągu. Dodatkowo dodano możliwość podwieszenia pięciu 1700-litrowych zbiorników z paliwem używanych do dalekich przelotów (przebazowania) lub czterech zbiorników i urządzenia do tankowania w powietrzu, pozwalającego na wykonywanie zadań powietrznej cysterny. Zastosowano skośne wloty powietrza do silników, dwa dodatkowe węzły podwieszeń pod skrzydłami, oraz drobne zmiany aerodynamiczne. Do budowy Super Horneta użyto niewielkiej liczby części ze starszego F/A-18 Hornet, zwłaszcza w przedniej części kadłuba.
Wyposażenie elektroniczne stanowi nowy radar APG-79 AESA (Advanced Electronically Scanned Array) z aktywnym elektronicznym skanowaniem fazowym, zaawansowane systemy naprowadzania w podczerwieni (ATFLIR – Advanced Targeting FLIR). Do 2005 w samolotach montowano dotychczasowy wielofunkcyjny radar pulsacyjno-doplerowski APG-73 (używany też w późnych F/A-18C/D USMC), docelowo APG-79 będzie zamontowany na wszystkich Super HornetachF/A-18 Super Hornet Block III.. Radar umożliwia jednoczesne naprowadzanie kilku pocisków rakietowych naraz bez względu na ich kąt względem samolotu, odległość i kurs. Dokładność radaru jest bardzo wysoka, a jego producent bada możliwości kierunkowego zagłuszania nim emiterów wroga. Może też być używany symultanicznie, tzn.