Przenosił ulotki „Polska żyje”, był łącznikiem wiadomości między Gąbinem i Wyszogrodem.
Ostrzeżony powtórnie przed aresztowaniem przez Irenę Borysiak, ukrywał się w wioskach u gospodarzy. 13 kwietnia 1940 roku potajemnie odwiedził matkę w Gąbinie i tej nocy został aresztowany przez Gestapo. 5 maja 1940 roku trafił do obozu koncentracyjnego Dachau, otrzymuje numer 8746. W sierpniu 1940 roku został przeniesiony do Gusen, otrzymał numer 6737, a następnie numer 44297. Początkowo pracował w komandach „Steintreger”, „Steinwerke”, „Barakenbaum”.
W oskarżeniu widnieje uzasadnienie:
W obozie Wacław Milke poznał wielu wartościowych i życzliwych przyjaciół: profesora Kazimierza Gelinka z Płocka, dyrektora Polskiego Gimnazjum w Kwidzynie – Władysława Gębika, rektora Akademii Medycznej w Poznaniu – profesora Czesława Adamanisa, profesora Józefa Iwińskiego z Uniwersytetu Łódzki, wielu zacnych więźniów różnej narodowości. Wspólnie z nimi należał do ruchu oporu, któremu przewodniczył Władysław Gębik.
W środowisku więźniów Wacław Milke zwany był Apostołem chleba. Organizował wspólnie z kolegami pracującymi w kuchni i magazynach żywność dla chorych i najbardziej potrzebujących pomocy.