Stefana Kryńskiego) do Muzeum Narodowego Ziemi Przemyskiej w Przemyślu.
Podczas obchodów jubileuszu 100-lecia istnienia gimnazjum w Jaśle 21 czerwca 1968 w gmachu szkoły została odsłonięta tablica upamiętniająca wychowanka tej placówki, Rudolfa Weigla.
8 grudnia 2005 został ustawiony we Wrocławiu przy ulicy jego imienia, pomnik – kamienny obelisk z płytą pamiątkową, honorujący prof. Rudolfa Weigla.
W 2011 Poczta Polska wyemitowała zaprojektowany przez Janusza Wysockiego upamiętniający Rudolfa Weigla znaczek pocztowy o nominale 3 złotych i nakładzie 400 tys. sztuk należący do serii „Polacy na świecie”.
2 września 2021 został upamiętniony w Google Doodle w 138 rocznicę urodzin.
W 2023 w Przerowie, miejscu urodzenia, odsłonięto tablicę Rudolfa Weigla.
W 2023 opublikowano film biograficzny Weigl.