Wymógł na Niemcach prawo do całkowitej swobody w doborze personelu, biorąc za niego pełną odpowiedzialność. Instytut zaczął wzrastać w postępie geometrycznymCzęściowa lista osób zatrudnionych w Instytucie znajduje się na stronie .. Zatrudnienie w Instytucie wraz z chroniącą przed represjami legitymacją znaleźli profesorowie Stefan Banach, Bronisław Knaster i Władysław Orlicz.
thumb|Szczepionka przeciwtyfusowa prof. Rudolfa Weigla w Muzeum Historii Żydów Polskich w Warszawie Profesor Weigl nigdy nie wyparł się swojej przybranej ojczyzny. Skutecznie przeciwstawił się prośbom i żądaniom Niemców, aby złożył wniosek o wpisanie na niemiecką listę narodowościową, a proponującemu generałowi SS Fritzowi Katzmannowi odpowiedział: „Człowiek raz na całe życie wybiera sobie narodowość. Ja już wybrałem”.
Pomimo ogromnego osobistego ryzyka udzielił odważnej odpowiedzi na propozycję generała SS Fritza Katzmanna – wysokiego rangą emisariusza Heinricha Himmlera (połączoną z subtelną groźbą, nawiązującą do mordu przez Gestapo lwowskich profesorów na Wzgórzach Wuleckich). Odpowiedź Weigla (było to w 1942 lub 1943) brzmiała następująco: „Jako biolog znam zjawisko śmierci i często myślę o śmierci, bo życie stało się takie smutne i beznadziejne.