31 sierpnia 2007 roku Murphy zmienił barwy klubowe i przeszedł do londyńskiego Fulham F.C. Przez pięć następnych sezonów doświadczony już zawodnik był filarem drugiej linii i kapitanem drużyny z Craven Cottage. Był członkiem teamu, który zawojował Ligę Europy 2009/2010 - Cottagers wyeliminowali wówczas Vėtrę Wilno, Amkar Perm, FC Basel i CSKA Sofię (obydwa w fazie grupowej), Szachtar Donieck, Juventus Turyn, VfL Wolfsburg oraz Hamburger SV. Porażka przyszła dopiero w wielkim finale, gdy na drodze zespołu stanęło hiszpańskie Atlético Madryt. Kapitan rozegrał w decydującym meczu 118 minut i, wyczerpany, został zmieniony przez Jonathana Greeninga. Murphy w samej Premier League wystąpił w Fulham 163 razy i zdobył 17 bramek (doliczając występy pucharowe i na arenie kontynentalnej liczba ta wzrośnie do 198 gier i 28 goli).
25 czerwca 2012, po wygaśnięciu kontraktu, podpisał roczny kontrakt z występującym wówczas w Championship, Blackburn Rovers. 10 października 2013 roku oficjalnie zakończył piłkarską karierę.
Kariera reprezentacyjna Danny Murphy swój pierwszy mecz w reprezentacji Anglii zagrał w 2001 r. Wystąpił w niej w 9 spotkaniach strzelając przy tym 1 bramkę.