Każdy S-Blok ma inną strukturę wyjście S-bloków poddawane jest permutacji w P-blokach bity tak przekształconego bloku są sumowane modulo 2 z bitami lewej połowy danych tak zmieniony blok staje się nową prawą połową, poprzednia prawa połowa staje się natomiast lewą połową – cykl dobiega końca po wykonaniu 16 cykli operacji prawa i lewa połowa danych jest łączona w 64-bitowy blok dokonywana jest permutacja końcowa
Deszyfrowanie polega na zastosowaniu tych samych operacji w odwrotnej kolejności (różni się od szyfrowania tylko wyborem podkluczy, który teraz odbywa się od końca).
Tryby pracy algorytmu W dokumencie DES Modes of Operation określono cztery tryby pracy algorytmu: elektroniczna książka kodowa – w tym trybie pracy każdy blok tekstu jawnego szyfrowany jest w blok szyfrogramu, dzięki czemu możliwe jest stworzenie książki kodowej tekstu jawnego oraz odpowiadającego mu szyfrogramu wiązanie bloków zaszyfrowanych – tryb ten wykorzystuje mechanizm sprzężenia zwrotnego: w operacji szyfrowania bieżącego bloku tekstu jawnego wykorzystywany jest poprzedni blok szyfrogramu, w związku z czym każdy blok szyfrogramu zależny jest zarówno od bloku tekstu jawnego, jak i od poprzedniego bloku szyfrogramu sprzężenie zwrotne szyfrogramu – tryb ten umożliwia szyfrowanie danych strumieniowych;