Następnie był asystentem szefa Sztabu Generalnego, gen. dyw. Władysława Sikorskiego i kierownikiem Referatu Spraw Gdańskich przy Sztabie Generalnym w Warszawie. 20 stycznia 1923 został szefem Biura Wojskowego Ligi Narodów przy Sztabie Generalnym w Warszawie, a od 16 maja 1924 sprawował jednocześnie funkcję generalnego pełnomocnika Kierownictwa Marynarki Wojennej rządu do spraw Westerplatte. Na początku maja 1925 został zwolniony go ze stanowiska szefa Biura Wojskowego, a pod koniec roku przestał być generalnym pełnomocnikiem na Westerplatte. Do momentu przejścia w stan spoczynku 30 kwietnia 1927 pozostawał w dyspozycji szefa Administracji Armii, spełniając różne misje dyplomatyczne. Odszedł z wojska wraz z grupą wielu oficerów Marynarki Wojennej, w której byli także wiceadm. Kazimierz Porębski, kontradm. Wacław Kłoczkowski i gen. bryg. Tadeusz Bobrowski. Zwierkowski twierdził, że w stan spoczynku przeniesiono go bezprawnie, fałszując jego rok urodzenia.
Podczas służby w polskiej Marynarce Wojennej zajmował się głównie sprawami Gdańska.