16 kwietnia 1936 został wybrany ponownie wiceprezesem zarządu Lwowskiego Okręgu Wojewódzkiego Ligi Obrony Powietrznej i Przeciwgazowej.
W czasie pierwszej okupacji sowieckiej Lwowa (1939–1941) pracował nadal na uczelni, w czasie okupacji hitlerowskiej był wykładowcą na Państwowych Technicznych Kursach Zawodowych (1942–1944), które okupanci utworzyli na terenie PLw jako substytut uczelni technicznej.
Zmuszony do wyjazdu ze Lwowa w 1945 wyjechał najpierw do Krakowa, gdzie był profesorem na AGH – w latach 1945–1947 jako dziekan Wydziału Inżynieryjnego, następnie od 1947 do Wrocławia, gdzie do 1958 był kierownikiem katedry budowy kolei na Politechnice Wrocławskiej, zaś w latach 1947–1949 był prorektorem PWr.
Był żonaty z Heleną z domu Błońską (zm. w 1983 w wieku 87 lat). Ojciec architekta, prof. Tadeusza Zipsera.
Pochowany na Cmentarzu św. Wawrzyńca we WrocławiuZipser dr Kazimierz . mały|Grób prof. Kazimierza Zipsera na cmentarzu św.