Od XIII do XV wieku zachodnie plemiona Nieńców znajdowały się pod wpływem Republiki Nowogrodzkiej i płaciły jej daninę. Od XIV wieku część, a do XV wieku niemal wszystkie ziemie Nieńców znalazły się w zależności od Tatarów. Likwidacja przez Rosję Chanatu Syberyjskiego i założenie fortecy w Krasnojarsku (1628) ostatecznie poddało Nieńców pod władzę carów, jednak przez okres ok. 100 kolejnych lat trwały walki nieniecko-rosyjskie.
Od XVIII w. następowały próby chrystianizacji Nieńców. Początkowo były one niezbyt skuteczne. Nieco większą skuteczność zaczęły przynosić od połowy XIX w.
Nieńcy, jako jeden z najliczniejszych narodów dalekiej północy, wywierali silny wpływ na kulturę innych ludów, zwłaszcza ugrofińskich. To od Nieńców przejęły one hodowlę reniferów oraz związany z nią koczowniczy styl życia. Północne plemiona Komi oraz część Chantów i Mansów przejęły także od Nieńców sposób budowy szałasów oraz ubiór.
Nieńcy w XX w.