Historia badań i eksploracji Nazwa jaskini pochodzi od tego, że według legendy miał w niej swoją pracownię alchemiczną mistrz Twardowski. Jest znana od dawna – pierwsza wzmianka pochodzi z 1865 r. Jest też słynna – w wielotomowym Słowniku Geograficznym Królestwa Polskiego wymieniono ją kilka razy. Kilka razy badali ją archeolodzy. Po raz pierwszy fragmentarycznie namulisko Sali Głównej rozkopał w 1867 r. Sołtan, ale nie znalazł nic interesującego. W 1878 r. fragment namuliska przekopał A. Gruszecki, ale również nie znalazł nic ciekawego. E. Rook w 1980 r. znalazł w jaskini artefakty świadczące o zamieszkiwaniu jej przez ludzi, ale nie zostały określone kulturowo.
Prowadzono też w jaskini wiele innych badań. E. Sanocka-Wołoszynowa w 1981 r. znalazła w jaskini 3 gatunki pajęczaków. K. Starmach w 1963 znalazł galarety z sinic i nowe gatunki glonów z grupy Pyrrophyta (tobołki). Trwają systematyczne badania chemizmu wód z wykropleń, a w szczególności wpływ zanieczyszczeń Wisły na wody podziemne skał Zakrzówka. W kwietniu 1997 r. rozpoczął je J. Motyka z Zakładu Hydrogeologii i Ochrony Wód AGH w Krakowie. W różnych punktach jaskini grotołazi co tydzień pobierają próbki wody do badań i mierzą temperaturę.