Coraz bardziej popularni w mieście Romanowowie byli zagrożeniem dla komunistów i Lenina.

Po tym, jak wojska przeciwnej Białej Armii zbliżyły się do miasta wiosną 1918 r., bolszewicy przenieśli rodzinę cesarską na zachód do Jekaterynburga, gdzie w nocy z 16 na 17 lipca tego samego roku została rozstrzelana przez CzeKa.

Za czasów ZSRR Po zakończeniu wojny zwycięstwem bolszewików i powstaniu rosyjskiego Związku Radzieckiego reformy administracyjne 1920 r. zlikwidowały gubernię tobolską, co zakończyło status Tobolska jako stolicy prowincji (miasto pełniło tę funkcję przez 218 lat). Zamiast tego miasto stało się administracyjnym centrum Prowincji Tiumeńskiej z siedzibą w Tiumeniu. Od 1921 do 1922 r. Tobolsk był miejscem masowych antybolszewickich powstań chłopskich Zachodniej Syberii, związanych z Zieloną Armią. 3 listopada 1923 r. miasto stało się częścią obwodu uralnego, aż do 7 stycznia 1932 r. Od 17 stycznia 1934 r. Tobolsk był częścią obwodu Obsko-Irtyszowskiego, dopóki 7 grudnia tego roku nie został przeniesiony do obwodu omskiego. 14 sierpnia 1944 r. Tobolsk został przeniesiony do obwodu Tiumeńskiego. 10 lipca 1987 r. Dekretem Prezydium Rady Najwyższej ZSRR miasto Tobolsk otrzymało Order Odznaki Honorowej.