Powróciła w lutym 1998 w Hanowerze, gdzie uległa w jednej czwartej finału Belgijce Sabine Appelmans. W marcu skreczowała w półfinale w Indian Wells przeciwko Lindsay Davenport. Uraz leczyła do czerwca. Jednak jej występy na trawie oraz w amerykańskich turniejach poprzedzających US Open nie były najlepsze. Wówczas Graf pozwoliła się ograć Magüi Sernie, Natalli Zwierawej, Annie Kurnikowej czy Ai Sugiyamie. Zwyciężyła dopiero w New Haven, w finale z Janą Novotną. Na US Open pokonana w czwartej rundzie przez Patty Schnyder.
Jako dziesiąta tenisistka świata rozpoczęła rok 1999 występem w Sydney. Po zwycięstwie nad obiema siostrami Williams uległa Davenport. Wkrótce Seles wyeliminowała ją w ćwierćfinałach Australian Open. W kilku kolejnych startach przegrywała drugi lub trzeci mecz, m.in. z Sereną Williams, Venus Williams czy Julie Halard-Decugis. Nikt nie dawał jej szans na kortach Rolanda Garrosa. Graf udowodniła jednak swoją klasę, pokonując wszystkie rywalki, w tym trzy potencjalnie najtrudniejsze: Hingis, Davenport i Seles. Pamiętny finał z Hingis, podczas którego nastoletnia Szwajcarka zgotowała istne przedstawienie, rozstrzygnęła na swoją korzyść wynikiem 4:6, 7:5, 6:2.