Otwarcie szkoły (11 listopada) w okupowanej przez Niemców Łodzi stało się możliwe dzięki działalności Sekcji Oświaty i Kultury, powołanej przez Komitet Obywatelski w Łodzi w pierwszych miesiącach okupacji. Od 16 grudnia 1939 r., podobnie jak inne placówki oświatowe w Łodzi, szkoła pozostawała zamknięta. Budynek zajął komitet powiatowy partii narodowosocjalistycznej (Kreisleitung der NSDAP – Litzmannstadt-Land) wraz z partyjnymi przybudówkami, jak niemiecki front pracy (DAF) i narodowosocjalistyczna organizacja opieki (NSV). Wyposażenie szkolne zostało zabrane przez okupanta lub zniszczone, a pomieszczenia zostały zdewastowaneGimnazjum i Liceum im. M. Kopernika w Łodzi 1906-1986. Wybór źródeł, Zebrał i opracował Henryk Władysław Skorek, Łódź 1987, nr 63, s. 242 oraz nr 57, s. 130Jan Kamiński (red.). Nasz Wiek. Gimnazjum i Liceum imienia Mikołaja Kopernika w Łodzi 1906-2006. Zarys historyczny. Wspomnienia. 2006, s. 125.. Zniszczeniu uległa m.in. tablica z 1936 r., upamiętniająca I Zjazd Wychowanków.