Wśród nich najważniejsze to: Makulatura – surowiec XIX wieku (2001), Drukarskie techniki zdobienia papierów i tkanin (2008), Paszporty krajów Unii Europejskiej (2011), Laboratorium papieru (2014), PaperK (2016), 50 lat Muzeum Papiernictwa i Waluta Niepodległej (2018).
Badania naukowe młyna Krótko po uruchomieniu muzeum, w pomieszczeniach poddasza odkryto nieznane ostatnim niemieckim właścicielom papierni malowidła ścienne. Trwające kilkanaście lat prace restauracyjne pozwoliły na udostępnienie 5 ścian i 2 sufitów pokrytych malowidłami w XVII i XVIII w. Są to kompozycje składające się głównie z elementów roślinnych, architektonicznych. Dodatkowo w trakcie remontu dachu w 2009 odkryto wewnętrzny sufit, również pokryty polichromią. Jedno z malowideł przedstawia biblijną scenę kuszenia Józefa przez żonę Putyfara. Według najnowszych badań przeprowadzonych przez prof. Andrzeja Kozieła, wzmiankowany fragment powstał w czasach, gdy papiernią zarządzał Józef Ossendorf (lata 70. XVIII w.) i jest aluzją do jego postaci, jako człowieka uczciwego i wiernego. Jest to jedyna na Dolnym Śląsku scena przedstawiająca Józefa i żonę Putyfara. Autorstwo części dekoracji przypisywane jest Casparowi Rathsmannowi, XVIII-wiecznemu malarzowi dusznickiemu.