W 1907 roku został wybrany zwierzchnikiem kustodii mariawickiej na Podlasiu. Z pieniędzy uzyskanych ze spadku zakupił działkę pod kościół mariawicki w Mińsku Mazowieckim. Sporą cześć swoich prywatnych pieniędzy przeznaczył też na rozbudowę infrastruktury katedry mariawickiej w Płocku i ośrodka mariawickiego w Wiśniewie.
4 października 1923 roku kapłan Maria Franciszek Rostworowski otrzymał sakrę biskupią i został ordynariuszem diecezji lubelsko-podlaskiej. Prowadził działalność charytatywną, dbał o kontakty zagraniczne Kościoła Mariawitów, szczególnie z prawosławnymi patriarchatami w Afryce, Azji i Europie.
W czasie II wojny światowej biskup zorganizował przy swojej parafii szpital polowy dla żołnierzy Armii Krajowej.
Rodzina Maria Franciszek Rostworowski pochodził z lubelskiej linii rodu Rostworowskich. Był wnukiem radcy stanu i senatora Cesarstwa Rosyjskiego, Antoniego Melitona Rostworowskiego, bratem senatora II RP, Wojciecha Rostworowskiego i stryjem Piotra Rostworowskiego.