2 lutego 1991 r. w Częstochowie Janusz Gniatkowski uległ poważnemu wypadkowi – został potrącony na przejściu dla pieszych przez samochód osobowy marki fiat 126p. Artysta doznał m.in. otwartego złamania nogi, urazu czaszki. Operowany był na Oddziale Chirurgii Urazowej szpitala im. Ludwika Rydygiera w CzęstochowieWydanie „Gazety Kieleckiej” nr 23 z 4 lutego 1991, s. 2., potem przebywał w Szpitalu Górniczym w Sosnowcu, a następnie w Lubinie. Po latach rehabilitacji powoli wracał na scenę, brał udział w kilku programach telewizyjnych, a następnie na festiwalach swojej twórczości. Swoje 80. urodziny spędził w Filharmonii Częstochowskiej, gdzie zorganizowano koncert złożony wyłącznie z jego twórczości.mały|Gminny Ośrodek Kultury im. Janusza Gniatkowskiego w Poraju.
Upamiętnienie artysty Imieniem Janusza Gniatkowskiego nazwano Gminny Ośrodek Kultury w Poraju oraz Skwer w Częstochowie.