Kariera trenerska W latach 2003–2005 był grającym trenerem Warmii Grajewo. Latem 2005 został grającym szkoleniowcem czwartoligowej Mrągowii Mrągowo. W 2006 roku po zakończeniu piłkarskiej kariery Zajączkowski został zatrudniony na trenerskim stanowisku w Ruchu Wysokie Mazowieckie, w którym pracował do końca sezonu 2006/2007. Następnie został grającym trenerem czwartoligowej Błękitnych Orneta. 28 sierpnia 2007 objął stanowisko szkoleniowca Narwi Ostrołęka, z którą pracował do 28 kwietnia 2008. Od 28 kwietnia 2008 do listopada 2009 ponownie prowadził piłkarzy drugoligowego Ruchu Wysokie Mazowieckie. 14 maja 2010 został trenerem Tura Turek. Zespół z Wielkopolski prowadził do końca sezonu 2009/2010, utrzymując go w II lidze. Od 1 lipca 2010 roku na stanowisku trenera Tura zastąpił go Tomasz Wichniarek. 1 września 2010 Zajączkowski ponownie został szkoleniowcem Błękitnych Orneta. 13 stycznia 2011 został trenerem Jeziorak Iława. Od 17 września 2012 po dwóch latach przerwy został ponownie trenerem Tura Turek (zastąpił na tym stanowisku Piotra Szarpaka). W 2013 roku krótko prowadził I-ligowy (2.