W klubie duże zmiany, odeszło 10 zawodników na nowemiasto.dlawas.info. Zajączkowskiemu, który postawił na młodzież udało się sportowo utrzymać klub III lidze (12. miejsce na koniec sezonu 2017/18). Jednak ostatecznie Warmińsko-Mazurski Związek Piłki Nożnej nie przyznał Drwęcy NML licencji na grę III lidze, powodując jej spadek do IV, dzięki czemu utrzymała się dodatkowo w III lidze Legia II WarszawaDrwęca bez licencji. Spadamy do czwartej ligi na nowemiasto.wm.pl..
19 października 2018 roku Zajączkowski zastąpił Kamila Kieresia na stanowisku szkoleniowca I-ligowego Stomilu OlsztynNowy trener Stomilu: Rok temu nie przyjąłbym tej oferty na lsztyn.wyborcza.pl.Piotr Zajączkowski trenerem Stomilu na 90minut.pl.. Trenerem Stomilu pozostawał do czerwca 2020. Na tym stanowisku zastąpił go Adam Majewski.
7 stycznia 2021 został szkoleniowcem III-ligowej Kotwicy Kołobrzeg, w międzyczasie był także tymczasowym trenerem III-ligowego klubu GKS Wikielec.
Latem 2024 powrócił na trenerską ławkę w Stomilu. W pierwszym meczu zespół pod jego przewodnictwem wygrał 4:3 z Unią Skierniewice, mimo że rywale po kilkudziesięciu minutach prowadzili 3:0.