W jego skład wchodzi 9 poradni:
Poradnia Kardiologiczna dla dzieci Poradnia Neurochirurgii dla dzieci Poradnia Alergologiczna dla dzieci Poradnia Audiologiczna dla dzieci Poradnia Chirurgii dziecięcej Poradnia Neurologiczna dla dzieci Poradnia Ortopedyczna dla dzieci Poradnia Otolaryngologiczna dla dzieci Poradnia Urologiczna dla dzieci
W ramach Szpitala Ginekologiczno-Położniczego działa 12 klinik:
Dział Przyjęć B Szpitalny Oddział Ratunkowy z Pediatrycznym Centrum Urazowym i lądowiskiem Klinika Gastroenterologii, Alergologii i Pediatrii Pododdział Gastroenterologii Pracownia Endoskopowi Pracownia Oceny Aktywności Disacharydaz rąbka szczoteczkowego jelita cienkiego Klinika Kardiologii Pracownia Zaburzeń Rytmu i Prób Wysiłkowych Samodzielna Pracownia Hemodynamiki Pracownia Hemodynamiki dla dzieci Pododdział Intensywnego Nadzoru Kardiologicznego Klinika Kardiochirurgii Klinika Chirurgii i Urologii Dziecięcej Pracownia przy Ośrodku Leczenia Wad Rozwojowych Płodu Klinika Neurochirurgii Klinika Ortopedii i Traumatologii z Pododdziałem Chirurgii Ręki dla Dzieci Klinika Otolaryngologii Pracownia Badań Otoneurologicznych Klinika Neurologii Rozwojowej i Epileptologii Klinika Okulistyki Klinika Intensywnej Terapii i Wad Wrodzonych Noworodków i Niemowląt Klinika Pediatrii, Immunologii i Nefrologii