W 1738 r. w czterech klasztorach w Polsce było około 50 zakonników pochodzenia polskiego i stolica apostolska powierzyła opiekę nad nimi prowincji czeskiej a Benedykt XIV (5 października 1754) kustodię polską podniósł do rangi prowincji, zaś Klemens XIII w 1761 ją usamodzielnił.

Nuncjusz Camillo Paolucci w obliczu mnogiego ludu ukoronował kapucynom obraz Najświęt. Panny, półbiustowy, który im podarował jeden z mieszkańców warszawskich, syndyk klasztoru Fiszer.

W[1781 r. uroczyście obchodzono 100. rocznicę sprowadzenia kapucynów do PolskiMichał Baliński Pisma historyczne t. IV, Warszawa, 1843 str. 46 – 47(pisownia oryginalna):

Świątynia posiada skromną fasadę, zachowującą porządek toskański, przyozdobioną herbem Sobieskich – Janina. W fasadę wmurowano też tablicę pamiątkową poświęconą Jurajowi Križanicowi.

W 1965 roku świątynia została wpisana do rejestru zabytków.

17 czerwca 1983 w czasie swojej drugiej podróży do Polski świątynię odwiedził Jan Paweł II. Papież pomodlił się przed Najświętszym Sakramentem oraz przy urnie z sercem Jana III Sobieskiego w Kaplicy Królewskiej.