Pod naciskiem władz wojskowych przedsiębiorstwo Junkersa połączono z przedsiębiorstwem Fokker w jedno przedsiębiorstwo Junkers-Fokker-AG. Po zakończeniu I wojny światowej oba zakłady rozdzielono i wówczas założono w Dessau osobne przedsiębiorstwo Junkers Flugzeugwerk AG. Ten zakład Hugo Junkersa miał specjalizować się właśnie w produkcji samolotów. Cały czas osobno funkcjonowało przedsiębiorstwo Junkers & Co., zajmujące się wytwarzaniem znanych powszechnie urządzeń centralnego ogrzewania.
W związku z ograniczeniami w produkcji samolotów nałożonymi mocą przepisów traktatu wersalskiego, Junkers starał się przenosić produkcję do Szwecji oraz ZSRR. Dzięki porozumieniu politycznemu między Rosją sowiecką a Republiką Weimarską, w 1922 r. otworzono oddział w Moskwie. Jednak z powodów politycznych umowa została przez Rosjan zerwana po czterech latach i w 1926 Junkers musiał wycofać się z rosyjskiego rynku, ponosząc poważne straty finansowe. Równolegle powstała kolejna spółka-córka: Junkers Motorenbau GmbH, odpowiedzialna za produkcję silników i komponentów technicznych.