W latach 20. Hugo Junkers założył nawet własne linie lotnicze Junkers-Luftverkehr-AG. Wykorzystywał samoloty przez siebie produkowane, w tym modele Junkers F 13 – pierwszy samolot komunikacyjny całkowicie metalowej konstrukcji. Jednym z osiągnięć linii był bezawaryjny przelot między Teheranem a Londynem w obie strony albo przelot nad Andami. Jednakże – wskutek wysokich kosztów i małej pojemności samolotów – utrzymywanie własnej linii okazało się deficytowe. Przedsiębiorstwo stopniowo popadało w zależność od władz niemieckich, korzystając z subwencji rządowych. Dlatego też wskutek rosnącego zadłużenia Hugo Junkers przekazał przedsiębiorstwo państwu. Rząd federalny połączył w latach 1925–1926 Junkers-Luftverkehr-AG z Deutsche Aero Lloyd w – funkcjonującą do dziś – Lufthansę.
W okresie II wojny światowej przedsiębiorstwo Junkers Motorenbau und Junkers Flugzeugwerk należało do państwa – III Rzeszy. W licznych zakładach koncernu, przeważnie w środkowych Niemczech oraz w podziemnych zakładach – jak Mittelwerk (połączonego z obozem Mittelbau-Dora) – zatrudniano setki przymusowych robotników, w tym więźniów przetrzymywanych w nieludzkich warunkach oraz młodzieży zwerbowanej w czasie Heuaktion. W szczytowym okresie produkcji w Dessau – siedzibie koncernu i największym zakładzie produkcyjnym zatrudniano do 40 tys.