Do momentu wprowadzenia Dreideckera rozwiązano jednak problemy ze słabą wytrzymałością maszyn.
W 1919 Fokker zrezygnował ze współpracy z Junkersem i powrócił do Holandii, gdzie założył własne przedsiębiorstwo. Konstruktor opuszczając Niemcy nie wyjechał z pustymi rękami, ale przeszmuglował przez granicę samoloty D.VII i C.I wraz z częściami zamiennymi, co pozwoliło mu na szybki start nowej firmy.
Nowe przedsiębiorstwo Fokkera nastawiło się raczej na rynek samolotów cywilnych niż wojskowych, chociaż nie stroniło także i od takich konstrukcji przeznaczonych głównie dla lotnictwa holenderskiego. Jedynym wyjątkiem było lotnictwo Finlandii, które zamówiło znaczną liczbę samolotów Fokker C.V, C.X i D.XXI.
W latach 20. największym sukcesem przedsiębiorstwa był trójsilnikowy samolot pasażerski F.VII/3m, który zdominował europejski rynek do momentu wprowadzenia w połowie następnej dekady amerykańskich i niemieckich, całkowicie metalowych maszyn.
Anton Fokker zmarł w grudniu 1939 roku podczas wizyty w Stanach Zjednoczonych, gdzie działał bardzo prężnie rozwijający się oddział jego przedsiębiorstwa.