Ofensywa Armii Czerwonej, utrata kolejnych lotnisk polowych w rejonie Stalingradu i kontrakcje lotnictwa radzieckiego spowodowały stratę ponad 490 samolotów transportowych Luftwaffe do stycznia 1943, z czego 266 stanowiły Ju 52.
Junkersy Ju 52 operowały wciąż na froncie wschodnim i w Afryce Północnej, jednak narastająca przewaga lotnictwa Aliantów czyniła operacje transportowe coraz niebezpieczniejszymi. W 1944 lotnictwo niemieckie zaopatrywało odcięte wojska w Odessie oraz 1. Armię Pancerną, odciętą pod Kamieńcem Podolskim. Ostatnimi wielkimi operacjami zaopatrzeniowymi Luftwaffe były loty nad miasta zamienione w twierdze: Poznań i Wrocław.
Prosta i tania konstrukcja oraz niezawodność w eksploatacji były głównymi zaletami Ju 52. Piloci nazywali go pieszczotliwie Tante Ju (niem. „Ciotka Ju”).
Służba w lotnictwie innych państw Osi Poza Luftwaffe, na froncie wschodnim operowały także jednostki rumuńskie i węgierskie. Rumuńska Escadrille 107 zapewniała zaopatrzenie dla wojsk rumuńskich operujących w ramach Grupy Armii Południe.