Po zaangażowaniu się Włoch w walki przeciwko Grecji dowództwo Luftwaffe utworzyło dywizjon transportowy celem wspomożenia wojsk włoskich na tym odcinku frontu. W ciągu 50 dni trwania pomocy lotniczej na korzyść Włoch samoloty tej jednostki przewiozły ok. 30 tys. żołnierzy i 4700 ton zaopatrzenia, transportując w drodze powrotnej do Włoch 8346 rannych. Ju 52 wzięły następnie czynny udział w ataku wojsk niemieckich na Grecję, zapewniając desantowanie spadochroniarzy w rejonie Kanału Korynckiego 26 kwietnia 1941. Następną operacją desantową Luftwaffe przeprowadzoną na tym teatrze działań wojennych była operacja Merkur – desant na Kretę. Pomimo różnych błędów przy przeprowadzeniu desantowania i desperackiego oporu wojsk brytyjskich, Kreta wpadła w ręce państw Osi 31 maja 1941. Straty zwycięzców były bardzo wysokie, wyniosły około 6600 zabitych i rannych, oraz 271 samolotów Ju 52. Według innych źródeł w czasie desantu na Kretę Niemcy utracili 220 samolotów, w tym 170 Ju-52.