17 czerwca rozpoczęły się negocjacje – zwolniono 227 zakładników, a do szpitala wpuszczono dziennikarzy (Basajew przeprowadził konferencję prasową). 18 czerwca, po osobistej rozmowie telefonicznej Basajewa z premierem Rosji Wiktorem Czernomyrdinem, Rosjanie tymczasowo wstrzymali działania wojenne w Czeczenii, po czym zwolnionych zostało 111 kobiet i dzieci. 19 czerwca władze zgodziły się, aby napastnicy opuścili Budionnowsk w siedmiu autokarach oraz ciężarówce-chłodni (w której przewieźli poległych towarzyszy) w zamian za uwolnienie pozostałych zakładników. W drodze powrotnej do republiki czeczeńskiej, w której czekało ich entuzjastyczne powitanie ze strony ludności, towarzyszyło ludziom Basajewa 120 zakładników, którzy zgłosili się na ochotnika jako żywe tarcze na czas przejazdu – w tym 16 dziennikarzy i dziewięciu deputowanych do Dumy (m.in. Siergiej Kowaliow). Zostali oni uwolnieni po przekroczeniu granicy w wiosce Zandak, chociaż część już na własną rękę pojechała z Basajewem dalej, do górskiej wsi Dargo.