Kadłub o przekroju prostokątnym składał się z rurowej konstrukcji stalowej całkowicie pokrytej tkaniną. Na dziobie znajdowało się dwoje drzwi, które można było otworzyć na boki, przez co odsłonięto cały przekrój przestrzeni ładunkowej o powierzchni 10 m². Dwa fotele pilota z podwójnym sterowaniem umieszczono obok siebie w opancerzonej kabinie pilotów. Dwaj inżynierowie pokładowi, z których każdy był odpowiedzialny za trzy silniki po swojej stronie, zajmowali swoje miejsca we wnękach odpowiednich skrzydeł.
Duży nacisk położono na rozmieszczenie odpowiednich instrumentów na desce rozdzielczej ME 323 monitorujących silniki. Powodem tego był fakt, że Me 323, jako największy samolot transportowy Luftwaffe, wielokrotnie musiał borykać się z licznymi problemami z silnikami. Francuskie silniki gwiazdowe Gnòme-Rhòne 14 N (990 KM, wersja E o mocy 1100 KM) często nagrzewały się podczas ciągłej pracy. Aby monitorować każdy silnik, w sterowni pokładowej znajdowało się 6 dodatkowych paneli wyposażenia, po jednym dla każdego silnika.