Systematyka thumb|Podgatunek północnoamerykański subsp. braunii Gatunek reprezentuje podrodzaj Equisetum w obrębie rodzaju skrzyp Equisetum. Wskazywany jest jako siostrzany dla skrzypu leśnego E. sylvaticum, z którym wspólnego przodka miał mieć jeszcze w pliocenie. Linia prowadząca do tych dwóch gatunków oddzieliła się od reszty przedstawicieli podrodzaju jednak już w kredzie późnej tj. w okresie istotnego różnicowania w obrębie podrodzaju Equisetum, przy czym starszym gatunkiem jest tylko skrzyp łąkowy E. pratense, a reszta przedstawicieli podrodzaju jest siostrzana dla kladu obejmującego E. telmateia i E. sylvaticum.
W obrębie gatunku wyróżniane są dwa podgatunki o rozdzielnych zasięgach: Podgatunek typowy subsp. telmateia – występuje w Starym Świecie. Wyróżnia się białawymi międzywęźlami głównego pędu nadziemnego, pozbawionymi aparatów szparkowych. Podgatunek subsp. braunii (J. Milde) Hauke, Nova Hedwigia. 30: 434. 1978 (syn. Equisetum braunii J.Milde, Verh. K.K. Zool.-Bot. Ges. Wien 12: 515. 1862) – występuje w Ameryce Północnej. Od podgatunku typowego odróżnia się przede wszystkim zielonym pędem głównym, ze szparkami.