Duża prędkość i pułap operacyjny zapewniły He 177 bezpieczeństwo. W drugiej połowie 1944 r. samoloty He 177 zostały wycofane na teren południowych Niemiec i skierowane do zadań szkolnych oraz meteorologicznych. Wiązało się to z problemami w zaopatrzeniu jednostek Luftwaffe w paliwo, które spowodowały uziemienie paliwożernych He 177.
Jednostki eksploatujące He 177 Samoloty He 177 znalazły się na wyposażeniu jednostek: I./FKG 50, KG1 "Hindenburg", KG 40, KG 100 "Viking"''', Erpprobungs Kommando 177, Kampfgruppe 177, KG4 "General Waver",