Konstruktorzy zdołali rozwiązać problem z pożarami silników. Wydłużono ich łoża co pozwoliło zainstalować za nimi dodatkowe przegrody ogniowe oraz rozmieścić przewody paliwowe tak aby nie miały kontaktu z rozgrzanymi elementami konstrukcji. W późniejszych latach powstały kolejne prototypy dedykowane do badania określonych rozwiązań konstrukcyjnych lub zastosowań samolotu. Na V12 testowano możliwość uproszczenia konstrukcji i poprawy technologii produkcji samolotu. V14, V21 i V36 posłużyły do testów z bombami Hs 293, na V19, V23 i V24 zainstalowano silniki Daimler-Benz 610. Dodatkowe uzbrojenie obronne testowano na V20, V29, V32 i V33, z uzbrojeniem torpedowym testowano V26, V30 i V31. Na V35 zamontowano kabinę ciśnieniową, podkadłubowe wyrzutniki bomb montowano na V38, a na V40 zainstalowano radar FuG 217. Na prototypach V101–103 zamontowano cztery pojedyncze silniki. V38 był też rozpatrywany jako potencjalny nosiciel niemieckiej bomby atomowej.