W taki sposób powstały odmiany eksportowe Ju-86Z i Ju-86K.
W 1935 uruchomiono produkcję seryjną w wersji bombowej Ju-86A z czteroosobową załogą, oraz w wersji pasażerskiej Ju-86B mieszczącej dwuosobową załogę oraz 10. pasażerów na pięciu fotelach w dwóch rzędach. Pierwsze 13 maszyn w wersji wojskowej weszło do eksploatacji w lutym 1936 roku. W trakcie służby podczas wojny domowej w Hiszpanii (1936-1939) i Kampanii wrześniowej w 1939 okazało się, że kolejne wersje bombowca nie cieszą się specjalnym uznaniem lotników ze względu na częste awarie i bardzo słabą widoczność z kabiny, co przyniosło rezultat w postaci przebudowy przedniej części kadłuba. Ju-86 nie posiadał wystarczającej obrony przed atakami myśliwców. Jednocześnie wbrew wielkim oczekiwaniom pokładanym w zastosowanych silnikach wysokoprężnych Junkers Jumo 205, okazała się porażką. Zużycie paliwa podczas lotu w szyku było wyższe od oczekiwanego, bezpieczeństwo przeciwpożarowe nie było lepsze od bezpieczeństwa samolotów z silnikami benzynowymi, a osiągnięta prędkość była zbyt niska w stosunku do zamierzonego celu. Junkers opracował w tym czasie serię silników benzynowych przeznaczonych na eksport. W związku z tym sensowne było odpowiednie przebudowanie Ju 86 dla Luftwaffe. Zbudowano 289 samolotów z serii A/D, z których 50.