Niezgodę pomiędzy Mawarannahrem a Mogolistanem dodatkowo pogłębiał fakt, że większość koczowników stanowili szamaniści.

Historia chanatu w XIV wieku to dzieje powolnej islamizacji i wzrastającego szacunku chanów dla osiadłego trybu życia, co spotykało się ze sprzeciwem Mogołów. I tak Kebek przeprowadził korzystną dla Mawarannahru reformę monetarną, wprowadził nowy podział terytorialny, próbując chociaż trochę scentralizować państwo, odbudował kilka miast i wreszcie wzniósł zamek, wokół którego rozrosło się miasto, przechodząc tym samym na półosiadły tryb życia. Za te działania, odbierane jako faworyzowanie Mawarannahru, Kebek został w roku 1327 zabity przez koczowników. Jego następca, Tarmaszirin (1331–1334), przyjął islam, za co został zamordowany przez szamanistyczną arystokrację koczowniczą oskarżającą go o odstąpienie od Jasy. Jednak także następny chan, Kazan (1343–1346), w swojej polityce zaczął ciążyć ku Mawarannahrowi i w roku 1346 zginął zamordowany przez rzecznika nomadów emira Kazgana. W tym momencie chanat rozpadł się na Mogolistan i Mawarannahr, i zapanowała w nim anarchia. Kazgan nie pochodził z rodu Czagataja, co bardzo osłabiało jego prestiż, i w roku 1358 został zabity.