W czerwcu 1924 r. został mianowany przez ks. biskupa Augustyna Bludau proboszczem parafii św. Jakuba w Olsztynie. W każdą niedzielę i święto wprowadził mszę św. z polskim kazaniem. Hrabiemu Brühlowi, landratowi olsztyńskiemu, który zamierzał nakłonić proboszcza do zaprzestania odprawiania polskich nabożeństw odpowiedział „Dopóki w mojej parafii mieszkają Polacy, będziemy dla nich odprawiać polskie nabożeństwa. Za dusze ja jestem odpowiedzialny, a nie pan landrat !” Z sympatią odnosił się do ruchu polskiego na Warmii i utrzymywał stałe kontakty z Andrzejem Samulowskim, księdzem Wacławem Osińskim – prezesem IV Dzielnicy Związku Polaków w Niemczech i Sewerynem Pieniężnym – wydawcą „Gazety Olsztyńskiej”.
W lutym 1939 roku został mianowany kanonikiem honorowym kapituły warmińskiej we Fromborku. W okresie wojny ratował warmińskich duchownych przed hitlerowskimi prześladowaniami, przeżył koszmar roku 1945, ratował mienie kościelne i cywilne. Już 21 stycznia 1945 r. zdołał wyjednać zaświadczenie od rosyjskiego wojennego komendanta Olsztyna, by nie palić kościołów. W dniu 1 kwietnia 1945 r. ks. Hanowski odprawił w kościele św. Jakuba w Olsztynie pierwszą rezurekcję polską. Osobiście zabiegał o powołanie księży na wakujące probostwa (zobacz Unieszewo). 28 lipca 1945 r.