W 2001 wymieniono więźbę i pokrycie dachu, izolację murów, tynki zewnętrzne oraz podświetlono synagogę.

W 2002 przeprowadzono konserwację wystroju malarskiego i renesansowych portali w przedsionku z funduszy World Monuments Fund w Nowym Jorku, Jewish Heritage Program oraz Fundacji Ronalda Laudera. W latach 2001–2002 na renowację synagogi wydano 360 tysięcy złotych.

W dniach od 16 do 18 czerwca 2006 w synagodze odbyło się pierwsze od czasów zakończenia II wojny światowej nabożeństwo szabatowe, zorganizowane przez Związek Gmin Wyznaniowych Żydowskich w RP, Fundację Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego oraz Burmistrza Miasta Pińczowa Łukasza Łaganowskiego. Pomysłodawcą i fundatorem zorganizowania szabatu był Michael Tralson.

Aktualnie synagogą opiekuje się Muzeum Regionalne w Pińczowie, w której prezentowana jest stała wystawa judaiców oraz fotografie Jana Góreckiego. Jednym z najciekawszych eksponatów są XIX-wieczne zwoje Tory klejone z pasów, niekompletne – bez I, II i częściowo III księgi o szerokość 52 centymetrów i długość 20,5 metra. Przez wiele lat tkwiły one zamurowane w ścianie. Zostały odkryte po demontażu aron ha-kodesz.

Synagogę odwiedziło już wiele znamienitych osobistości, m.in.