W związku z niejasną pozycją filogenetyczną gniotowych dla uzyskania taksonów monofiletycznych rośliny zaliczane do iglastych rozdzielane są na klasy Pinopsida sensu stricto (tylko rząd sosnowców Pinales z rodziną sosnowatych Pinaceae) i osobną klasę Cupressopsida lub relacje przedstawiane są między rodzinami i rzędami, bez grupowania ich w wyższej rangi taksony.
Względnie stabilny jest podział zaliczanych tu roślin współczesnych na szczeblu rodziny – jest ich zwykle wyróżnianych 6 (sosnowate, araukariowate, zastrzalinowate, sośnicowate, cyprysowate i cisowate), czasem dodatkowo z zastrzalinowatych wyodrębniane są Phyllocladaceae, a z cisowatych – głowocisowate. W latach 60. XX wieku iglaste dzielono na 53 rodzaje, w XXI wieku wyróżnianych jest ich zwykle 71.
Za najstarsze ślady kopalne iglastych uważane są karbońskie skamieniałości Swillingtonia denticulata znalezione w Yorkshire i datowane na 310 milionów lat, aczkolwiek zasugerowano także, że to raczej ślady roślin należących do widłaków. Ślady kopalne iglastych stają się coraz częstsze z kolejnego okresu – permu. Wielkie ich różnicowanie nastąpiło w triasie, kiedy wyewoluowały wszystkie rodziny obecne we florze współczesnej.