Problem Hotelu Flamingo W roku 1946 w Hawanie odbyła się konferencja wszystkich mafijnych bossów tzw. konferencja hawańska. Bossowie dowiedzieli się, że kasyno Siegela przynosi straty i chcieli jego śmierci. Jednak Lansky przekonał wszystkich, żeby zaczekali. Siegel dostał drugą szansę. Lansky poinformował swego najlepszego przyjaciela o grożącym mu niebezpieczeństwie, ale ten nie posłuchał i postanowił dalej prowadzić kasyno. Przy następnym spotkaniu bossowie znów chcieli śmierci Siegela. Wówczas Meyer Lansky poprosił o trzecią szansę, którą Siegel otrzymał. Jednak znów nie chciał słuchać i nie wycofał się z interesu. Powodem była jego narzeczona Virginia Hill, która bardzo lubiła zabawę w kasynie. Następnej szansy już nie miał. Siegel został zabity 20 czerwca 1947. Najprawdopodobniej to właśnie Lansky wydał, choć nie bez oporu, ostateczną zgodę na zabicie swojego przyjaciela, wyrok podtrzymał Luciano.
Dalsze lata Najprawdopodobniej razem z Luciano, Costello i Carlo Gambino odpowiada za fiasko obrad konferencji w Apalachin, podczas której inny boss Vito Genovese (wbrew ich woli) miał przyjąć stanowisko Capo di tutti capi. Wcześniej zaś zaaprobował wyeliminowanie Alberta Anastasii (po konsultacji z Luciano).