Odmówiono mu jednak oficjalnego naczelnego dowództwa ze względu na jego trudny charakter – zamiast niego naczelnym wodzem został Admirał-Porucznik Jacob van Wassenaer Obdam.
Druga wojna północna i śmierć w Sundzie W latach 1654–1656 poza odsieczą dla Gdańska był na ogół bezczynny. Poległ w bitwie w Sundzie podczas drugiej wojny północnej, w której dowodził awangardą floty holenderskiej przybyłej z odsieczą Kopenhadze. Jego okręt Brederode osiadł na mieliźnie i został otoczony przez okręty szwedzkie. De With najpierw został trafiony z muszkietu w lewe udo, a kilka godzin później ponownie został trafiony – tym razem w pierś. Gdy szwedzcy żołnierze po abordażu wtargnęli na pokład okrętu, odmówił oddania swego rapiera, broniąc się przeciwko dwóm z nich na kolanach i krzycząc „Władałem nim wiernie dla Holandii przez lata, więc nie oddam go teraz zwykłym żołnierzom!”. Gdy upadł, zaniesiono go do jego kabiny, próbując ratować. Gdy nalegano, by wszedł po trapie na szwedzki okręt samodzielnie, upadł ponownie i zmarł. Z rozkazu króla Szwecji Karola Gustawa zwłoki De Witha zabalsamowano i wystawiono jako wojenne trofeum w ratuszu miasta Elsynor. W styczniu 1659 zwłoki De Witha zostały przeniesione na duński dwór do Kopenhagi.