Po zajęciu szóstego miejsca w Rajdzie Grecji ukończył Rajd Niemiec na drugiej lokacie. W Rajdzie Niemiec zwyciężył na pięciu odcinkach specjalnych, jednak w klasyfikacji generalnej przyjechał 33,8 sekundy za Sébastienem Loebem. Przed niemieckim rajdem został nominowany drugim kierowcą zespołu, a dotychczasowy drugi kierowca zespołu Kronosa Pons stał się trzecim kierowcą. Sierpniowego Rajdu Finlandii Sordo nie ukończył. Na czternastym odcinku specjalnym wypadł z trasy i uszkodził samochód. Był to pierwszy wypadek Hiszpana za czasów startów autem WRC. We wrześniowym Rajdzie Japonii Sordo przyjechał do mety na siódmej pozycji, jednak po zawodach został zdyskwalifikowany za źle zapięte pasy bezpieczeństwa. Pod koniec września Sordo ponownie uległ wypadkowi. W Rajdzie Cypru wypadł z trasy na 21. odcinku specjalnym, a ostatni, 22. odcinek, został z tego powodu odwołany. W trzech z czterech ostatnich rajdów sezonu 2006 Sordo zdobywał punkty. W Rajdzie Turcji był siódmy, w Rajdzie Nowej Zelandii – piąty, a w Rajdzie Wielkiej Brytanii – siódmy. W sezonie 2006 zdobył łącznie 49 punktów i zajął 5.